Du kan prova att använda $set operatör för att tömma besökarmatrisen istället för att ta bort alla objekt genom att använda $pull operatorn, vilket skulle vara mycket snabbare som $pull kommer att behöva göra beräkningar på arrayer:
db.collection.update( {"date": date, "domain": domain}, { $set : {"visitors": [] }} , {multi: true} )
Motsvarande $pull operation skulle vara
db.collection.update( {"date": date, "domain": domain}, { $pull : { "visitors": {} }}, {multi: true} )