MongoDB $pull array 2 nivå

Du behöver inte hela notationen eftersom platshållaren redan har flyttats till den positionen i arrayen.

db.junk.update(
    { "commandes.voyagesSouscrits.idVoyage": "123" },
    {$pull: { "commandes.$.voyagesSouscrits": { idVoyage: "123" } }}
)

Den här delen:

idVoyage: { <query> }

behövs bara eftersom positionsoperatorn i "commandes.$.voyagesSouscrits " kan bara matcha den första arrayposition hittas i frågan.

http://docs.mongodb.org/manual/reference/operator/projection/positional/

Hoppas det löser det.