Du kan göra det med positionsoperatorn "$[]" :
db.getCollection('workflows').update({_id: ObjectId("5ffef283f1f06ff8524aa2c2") }, {$pull: {"workflows.$[]":{pName:"Test1" } } } )
men schemat ser lite konstigt ut och efter uppdateringen kommer du att ha tomma arrayer i arbetsflöden om alla element har tagits bort i underarrayen. För att fixa de tomma underarrayerna måste du utföra en andra operation för att ta bort dem:
db.getCollection('workflows').update({_id: ObjectId("5ffef283f1f06ff8524aa2c2") }, {$pull: {"workflows":[] } } )