Standardfrågeoperationer jämför inte värdena för ett fält med ett annat. För att göra detta måste du använda JavaScript-utvärderingsserversidan som faktiskt kan jämföra de två fältvärdena:
Förutsatt att båda fälten är ISODate-instanser
BasicQuery query = new BasicQuery(
new BasicDBObject("$where", "this.creationTime.getTime() != this.lastModified.getTime()")
);