Det låter som att du antagligen vill få en av databaserna att fungera som en slav till den andra, på så sätt kommer alla uppdateringar på mastern automatiskt att spridas till slaven. MySQL-dokumentationen har en hel del detaljer om detta.
Om du ville kunna göra uppdateringar av endera databasen och få dem replikerade till den andra tror jag att det också är möjligt att konfigurera MySQL för att använda multi-master replikering.