Jag skulle kolla om du har några främmande nyckelreferenser till den kolumnen. Om så är fallet kan du behöva ta bort de främmande relationerna som du har definierat för den kolumnen, sedan byta namn på och sedan återställa dina främmande nyckelrelationer med det nya kolumnnamnet.
Jag tror att MySQL hänger på med det faktum att när du byter namn är FK-relationerna inte längre giltiga och det ger ett fel.
EDIT:ConfirmedFK Byt namn i MySQL
Du måste göra något i stil med detta:
alter table yourTable drop foreign key yourID