Jag hade samma problem som rubriken på den här frågan, så om någon annan googlar på den här frågan och vill starta MySql i 'skip-grant-tables'-läge på Windows, så gjorde jag det här.
Stoppa MySQL-tjänsten genom administratörsverktyg, tjänster.
Ändra my.ini-konfigurationsfilen (förutsatt standardsökvägar)
C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\my.ini
eller för MySQL-version>=5.6
C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.6\my.ini
I SERVERAVsnittet, under [mysqld], lägg till följande rad:
skip-grant-tables
så att du har
# SERVER SECTION
# ----------------------------------------------------------------------
#
# The following options will be read by the MySQL Server. Make sure that
# you have installed the server correctly (see above) so it reads this
# file.
#
[mysqld]
skip-grant-tables
Starta tjänsten igen och du bör kunna logga in i din databas utan lösenord.