Jag är ingen MySQL-expert, men använder Tomcat JDBC med Oracle ett tag. Inaktiva anslutningar kvarstår här så länge appen inte är avstängd. Jag skulle kontrollera anslutningsloggar i MySQL och aktivera inloggning i Tomcat JDBC för att se vem som verkligen stänger av anslutningar. Var och en gör det.
