Jag stötte på samma sak idag själv efter att ha uppdaterat till 4.6.0, vad jag gjorde för att lösa problemet var att ta bort innehållet i phpmyadmin-katalogen förutom konfigurationsfilen (config.inc.php i roten). När det var gjort laddade jag upp 4.5.4 igen som kan erhållas härifrån https://github .com/phpmyadmin/phpmyadmin/tree/MAINT_4_5_4 klicka bara på ladda ner zip uppe till höger och detta är förresten deras officiella repo.
