Svarar på min egen fråga!
Verkade vara något fånigt som hände med brygginstallationen av MongoDB. Installera om det manuellt från http://docs. mongodb.org/manual/tutorial/install-mongodb-on-os-x/ och att sedan återställa min säkerhetskopierade databas verkade göra susen.
Jag skulle fortfarande älska att veta ur en kod/teknisk synvinkel varför min miljö plötsligt bestämde sig för att börja returnera 12-byts BSON ObjectID istället för det hexadecimala ObjectID... men tills dess kommer förhoppningsvis en enkel manuell ominstallation att hjälpa andra som stöter på denna märkliga fråga!