Börjar med Mongo 2.6.0 du kan göra detta inbyggt utan ytterligare manipulation.
db.<collection>.aggregate( [
{ <operation> },
{ <operation> },
...,
{ $out : "<output-collection>" }
] )
Kolla in den nya aggregeringsoperatorn $out för ett mer detaljerat exempel.
P.S. på detta sätt är du inte begränsad till 16 Mb storlek.