Jag stöter på samma problem och efter lite googling och sökning hittade jag det här inläggethttps://stackoverflow.com /a/43810346/3785901
Jag provade detta kommando som nämns:
mongodump --host HOST:PORT --db SOURCE_DB --username USERNAME --password PASSWORD --archive | mongorestore --host HOST:PORT --nsFrom 'SOURCE_DB.*' --nsTo 'TARGET_DB.*' --username USERNAME --password PASSWORD --archive --drop
och det fungerar som en charm. Det borde fungera i ditt fall, lycka till.