Hittade problemet.
Eftersom jag definierade min databas i min lib.js-fil
users = new Meteor.collection("users");
Jag behöver inte sätta en db framför db.users.update({_id : "Jack"},{...}) . Jag måste också hitta dokumentet med den givna mongo _id , inte identifieraren "username" .
så lämplig kod skulle vara
users.update({_id : "Jack"},{$set:{age : 13, username : "Jack"}});