När du ändrar innehållet i en Mixed fält som freeform_data, måste du meddela Mongoose att du har ändrat dess värde genom att anropa markModified(path) på det ändrade dokumentet eller en efterföljande save() samtalet sparar det inte.
Till exempel:
user.freeform_data = { foo: 'bar' };
user.markModified('freeform_data');
user.save();