Du kan använda punktnotation i dina frågetycklar för att göra detta genom att använda $exists operatör för att bara kontrollera om det finns:
db.test.find({'files.IyzkmGh4YGD61Tc3TJjaEY17hDldH': {'$exists': 1}})
Så här hittar du alla dokument som innehåller dessa filer och tar bort dem:
db.test.update(
{'files.IyzkmGh4YGD61Tc3TJjaEY17hDldH': {'$exists': 1}},
{'$pull': {'files': {'IyzkmGh4YGD61Tc3TJjaEY17hDldH': {'$exists': 1}}}},
multi=True)