Är det en bra idé att generera samlingar per dag i mongodb

vad du egentligen behöver är att arkivera den gamla datan. Jag skulle föreslå att du tar en titt på den här tråden på mongodbs e-postlista:
https://groups.google.com/forum/#!topic/mongodb-user/rsjQyF9Y2J4 Senaste inlägget där från Michael Dirolf (10gen) säger:

så jag antar att du kan stanna med en enda samling och bra index kommer att göra jobbet.
Hur som helst, om samlingen blir för stor kan du alltid köra manuell arkivering.