Du kanske har kört det med sudo en gång tidigare. När du kör det med sudo bara en gång och en fil skrivs blir filerna rotfiler rotanvändarfil så den behöver fler behörigheter för att köra och kommer inte att köras normalt.
Du kanske har kört sudo mrt en gång måste det ha uppdaterade filer för ett paket men de ägs nu av root istället för din vanliga användare.
Jag är säker på att det finns ett terminalkommando för att få tillbaka det, men att använda Disk Utility och köra "Repair Disk Permissions" kan också fixa det (tror jag).