Spring Data Mongo:upsert med olika fält uppdaterade

Jag tror att det du letar efter är $setOnInsert för subdocument1 . Så något liknande borde fungera för dig.

Query query = Query.query(Criteria.where("_id").is("some_id"));
Update update = Update.update("_id", "some_id")
                .set("field1", "value1")
                .set("field2", "value2")
                .set("subdocument2", subdocumentObject2)
                .setOnInsert("subdocument1", subdocumentObject1);

Mer här https://docs.mongodb.com/manual/reference/ operator/update/setOnInsert/