GMT och UTC är olika tidszoner, de är Greenwich Mean Time och Coordinated Universal Tid respektive. GMT är en "soltidszon", medan UTC är "atomär". För de flesta ändamål är de i huvudsak samma sak, men UTC är mer "universell".
Intressant nog är dokumentationen du pekar på för toUTCString
visar fortfarande en GMT-utgång:
var today = new Date();
var UTCstring = today.toUTCString();
// Mon, 03 Jul 2006 21:44:38 GMT
För utbyte av data mellan applikationer skulle jag föredra att använda något som ISO8601 , som använder suffixet 'Z' för UTC:
2013-01-16T08:19Z
Där "Z" förvirrande står för "zulutid"!