Du kan göra detta med Query#maxTime metod.
Så i ditt fall skulle du kalla det som:
MySet.find({}).maxTime(10000).exec(function(err, doc) { ... });
Du kan bekräfta att maxTimeMS har ställts in korrekt alternativet genom att aktivera Mongoose-felsökning via mongoose.set('debug', true); och sedan kommer du att se konsolutdata för den här frågan som ser ut så här:
Mongoose: myset.find({}) { maxTimeMS: 10000, safe: true, fields: {} }