Du har rätt, alla DBRefs hämtas ivrigt, men de sparas inte ivrigt (AFAIK). Om A har en referens till B, när du sparar A, sparar Spring Data/MongoDB inte automatiskt B, du måste.
// Incorrect, upon retrieval a.getB() == null
A a = new A();
a.setB(new B());
repositoryA.save(a);
// Correct (to the best of my knowledge)
B b = repositoryB.save(new B());
A a = new A();
a.setB(b);
repositoryA.save(a);