Ditt tillvägagångssätt är i grunden korrekt. Jag skulle dock inte betrakta en sådan samling som "stor" Du kan köra något liknande från skalet:
coll.find({}).forEach(function (doc) {
doc.flag = Math.floor((Math.random()*2)+1);
coll.save(doc);
});
Beroende på din MongoDB-version, konfiguration och belastning kan detta ta något mellan några minuter till flera timmar
Om du vill utföra den här uppdateringen i bulk, använd några villkor i ditt frågedokument, något som coll.find({"aFiled" : {$gt : minVal}, "aFiled" : {$lt : maxVal}})