Du kan lägga till en fråga i ditt uppdateringsutdrag:
db.foo.update({'title.de': {$exists : false}}, {$set: {'title.de': ''}})
Uppdatera
För din modifierade fråga ser min lösning ut så här - skulle det fungera för dig? (Om inte, varför?)
db.foo.update({site_id: 'xxx', 'title.de': {$exists : false}}, {$set: {'title.de': ''}, {multi: true})
db.foo.update({site_id: 'xxx', 'content.de': {$exists : false}}, {$set: {'content.de': ''}}, {multi: true})