Jag har ställts inför liknande problem och efter att ha undersökt mycket upptäckte jag att det berodde på en äldre version av mongoose eftersom tidigare versioner inte är kompatibla med att bryta ändringar i MongoDB 3.6 och senare.
Jag uppgraderade mongoose-versionen en efter en och jag fann att den fungerar perfekt med mongoose-versionen 4.12.2 eller över ([email protected]).
Du kan uppgradera din mongoose-version genom att köra följande kommando:
npm install [email protected]