Jag vet inte hur du importerar CSV-filerna men det sätt jag skulle göra är att skriva ett skript (php/perl) för att läsa varje fil, runda upp eller trimma tidsstämpeln till sekunder och köra INSERT-satser på DATABASEN.
Något liknande
<?php
$file=fopen("your.csv","r");
mysql_connect ($ip, $user, $pass);
while(!feof($file))
{
$line = explode(',',fgets($file));
mysql_query("INSERT INTO TABLE1 (ID, DATE) values (".$line[0].", ".substr($line[1],0,19).")");
}
fclose($file);
?>
Kör detta från kommandoraden och det borde göra jobbet