Det är möjligt.
$mysqli->query($long_running_sql, MYSQLI_ASYNC);
echo 'run other stuff';
$result = $mysqli->reap_async_query(); //gives result (and blocks script if query is not done)
$resultArray = $result->fetch_assoc();
Eller så kan du använda mysqli_poll om du inte vill ha ett blockerande samtal
http://php.net/manual/en/mysqli.poll.php