JDBI är inte särskilt väl lämpad för att konstruera dynamiska frågor. IMO hela poängen med detta bibliotek är att separera kod och SQL-frågor så mycket som möjligt.
Men ditt specifika fall kan lösas med hjälp av SQL:
COALESCE(:foo, foo)
om 'foo' är namnet på kolumnen i tabellen, och :foo kommer att lösas till NULL, kommer mysql SET att vara effektivt
SET foo=foo
d.v.s. det kommer inte att göra något (vilket är önskvärt i ditt fall). Om :foo inte är null kommer det att motsvara
SET foo=:foo