Vi stötte precis på det här problemet och lyckades hitta en lösning som fungerade för oss. Det verkar som att Flyway använder minst två anslutningar:en för att låsa schema_version tabell och en för att faktiskt köra förändringarna. Det här problemet uppstår när ändringarna tar tillräckligt lång tid för att få anslutningen att låsa schema_version tabell till timeout. Det enklaste sättet att fixa detta är att höja MySQL wait_timeout till något relativt stort. I vårt fall ställer vi in den på 480 minuter (eller 28800 sekunder):
set global wait_timeout=28800;