mysql räkna hur många gånger ett fält länkar till ett annat

select ref, count(distinct id) from table group by ref;

Detta ger dig en räkning av distinkt id genom ref.

select ref, count(*) from table group by ref;

Detta ger dig antalet poster per ref.

EDIT:

Prova detta för att få den utdata du önskar.

select t.*, m.counter
from table t 
join (
   select ref, count(distinct id) as counter
   from table group by ref
) m on t.ref = m.ref

Exempel på SQLFiddle:http://sqlfiddle.com/#!9/2b93c/2