Jag hade ett liknande problem. Jag använder Spring Boot 1.5.9 och postgres 9.6, data.sql med inlägg. Kodning på data.sql var UTF-8, men efter start av applikationen, i DB var speciella symboler istället ryska bokstäver.
spring.datasource.sql-script-encoding= UTF-8
Den här egenskapen i application.properties har hjälpt.
Alla fastigheter som ansvarar för DB:
spring.datasource.jndi-name=java:/PostgresDS
spring.jpa.properties.hibernate.default_schema=my_scheme_name
spring.jpa.hibernate.ddl-auto = update
spring.jpa.show-sql = false
spring.jpa.properties.hibernate.dialect = org.hibernate.dialect.PostgreSQLDialect
spring.datasource.continue-on-error=true
spring.datasource.sql-script-encoding= UTF-8