Efter att ha provat många saker märkte jag att to_sql-funktionen inte genererade rätt MySQL-syntax för att den skulle fungera. Också med metoden att byta till wkb kände MySQL fortfarande inte igen den kolumnen som geometri om jag lämnade texten som den är (se bilden i frågan).
Det som fungerade för mig var att ändra geometrifältet till sträng och uppdatera det i python så det skulle se ut så här: 
Efter det fortsatte jag att använda koden nedan, där jag skickade dataramen till MySQL och sedan uppdaterade tabellen för att ställa in geometrikolumnen:
regions.to_sql('pr_regions', con=conn, schema='eq_pr_db',
if_exists='replace', index=False)
#add column type Polygon
conn.execute('''ALTER TABLE `eq_pr_db`.`pr_regions`
ADD COLUMN `geom` Polygon;''')
#populate new column by applying the ST_GeomFromText function to transform the string to geometry type.
conn.execute('''UPDATE `eq_pr_db`.`pr_regions`
SET geom = ST_GeomFromText(geometry) ;''')