Jag tror att det här är vad du vill:
SELECT date(time),
count(distinct userid) / cd.cnt
FROM activity_entries ae join
(select count(distinct userid) as cnt
from activity_entries) cd
GROUP BY date(time);
Den använder en underfråga för att beräkna det totala antalet distinkta användare i tabellen och delar sedan antalet användare på varje dag för att få andelen.