Det visade sig att det var fråga om oengagerade frågor. Tack till Brent Worden för frågan om transaktioner som fick mig att titta mig omkring och märka att jag hade inaktiverat auto commit och inte begår efter frågor.
Så lösningarna som fungerade för mig:
conn.setAutoCommit(true);
eller
statement.executeQuery(query);
conn.commit();
Detta gör att frågorna kan spolas ut och inaktuella data förhindras.