Testa att använda SQL_NO_CACHE (MySQL 5.7) i din fråga.(MySQL 5.6-användare klickar på HÄR )
t.ex.
SELECT SQL_NO_CACHE * FROM TABLE
Detta kommer att stoppa MySQLs cachelagring av resultaten, men tänk på att andra operativsystem och diskcachar också kan påverka prestandan. Dessa är svårare att komma runt.