Ta en titt på Det här inlägget i InnoDB måste du göra en fullständig tabellskanning, där det som i MyISAM är en indexläsning.
Om du använder en where även om den ändrar exekveringsmönstret för att använda index, så generellt sett kommer InnoDB att vara långsammare än MyISAM vid fullständiga obegränsade räkningar, medan prestandan matchar vid begränsade räkningar.