En ALTER TABLE sats som lägger till PRIMARY KEY kolumnen fungerar korrekt i min testning:
ALTER TABLE tbl ADD id INT PRIMARY KEY AUTO_INCREMENT;
På en tillfällig tabell skapad för teständamål skapade ovanstående sats AUTO_INCREMENT id kolumn och infogade värden för automatisk ökning av varje befintlig rad i tabellen, med början med 1.