MySQL gör inte den här typen av frågor lätt, men en (visserligen inte särskilt snygg) lösning är att använda en variabel för att ge varje rad ett sekvensnummer per dest och bara gruppera med radnumret heltal dividerat med 2 för att få två tal i varje grupp;
SELECT dest, GROUP_CONCAT(port ORDER BY rank) ports
FROM (
SELECT dest, port, (
CASE dest WHEN @curDest
THEN @curRow := @curRow + 1
ELSE @curRow := 1 AND @curDest := dest END) rank
FROM tb_port a
JOIN tb_rule c ON a.id = c.id_port
JOIN tb_dest b ON b.id = c.id_dest,
(SELECT @curRow := 0, @curDest := '') r
ORDER BY dest
) z
GROUP BY FLOOR(rank/2),dest
ORDER BY dest, MIN(rank)