Nej, den nuvarande versionen (5.2.10 beta) stöder inte det.
Filformatet är dock inte proprietärt - det är ett enkelt zip-arkiv. Den innehåller ett enda XML-dokument som är den kompletta databasmodellen. Jag skrev denna SO-fråga
för ett par månader sedan med samma mål som du verkar ha. Jag ville kunna göra svn diff model.mwb
Svaret jag fick där hjälpte mig att skriva ett litet skript som packade upp filen innan den skickades till diff-verktyget. Det fungerade hyfsat och om du är intresserad kan jag lägga upp det någonstans.
Jag startade också nyligen en tråd på Workbench-forumet om denna fråga. Förhoppningsvis kan någon i utvecklingsteamet ge lite mer input om detta.
EDIT:det spåras nu av MySQL Bug #51203 med ett mål på 6,0.