Ärligt talat, om dessa saker är blockerare för dig, använd inte Django. Jag är en mycket stark förespråkare för Django, men om du känner att den inte uppfyller dina behov, bör du välja något annat.
Jag måste dock säga att det är konstiga saker att fästa sig vid. Jag kan inte föreställa mig varför ett extra primärnyckelfält på en mellanliggande M2M-tabell skulle vara ett problem alls. (Observera dock att sammansatta fält - inklusive PK:er - har varit föremål för ett Summer of Code-projekt i år, och ser ut att vara redo att slås samman - se https://groups.google.com/forum/#!topic/django-developers/CD7OrkJ63zc )
Och återigen, varför bristen på standardinställningar på SQL-nivå "gör livet svårare" är svårt att förstå:om du gör allt genom Djangos ORM, där standarden tillämpas, spelar ingen roll; plus, som Adrian sa på den biljetten, att göra det i SQL skulle faktiskt minska den nuvarande funktionaliteten genom att göra saker som callable defaults omöjliga.
Du bör också reflektera över varför du låter dessa relativt triviala detaljer överskugga de stora fördelarna som Django ger dig:uttrycksfull ORM, mallspråk, blomstrande community, ett stort antal tredjepartsappar... Men även som sagt, än en gång du är fri att välja något annat om det verkligen inte fungerar för dig.