Det är mer ett funktionellt eller organisatoriskt problem än ett tekniskt. Inget verktyg kommer automatiskt att gissa hur man migrerar data från ett schema till ett annat. Du borde lära dig hur du skriver lagrad procedur för att migrera dina data.
Du måste förmodligen inaktivera begränsningar, skapa tillfälliga tabeller och kolumner, kopiera massor av data och sedan ta bort de tillfälliga tabellerna och kolumnerna och återaktivera begränsningarna för att få migrera din data.
Väl i underhållsläge bör varje ny funktion som ändrar schemat också komma med skriptet som gör det möjligt att migrera från det nuvarande schemat och data i produktion till det nya.