Villkorsparametrar för frågebyggaren

Jag tror att du behöver "och var"-villkor här. Eller där betyder att matcha antingen en eller annan eller båda reglerna. "Och var" skulle bara fungera om båda reglerna matchar.

Så jag föreslår att du provar detta:

$users = User::with('skills')
->with('skills')
->with('positions');
if($skills)
{
    $users->whereHas('skills', function($thisquery) use ($skills)
    {
       $thisquery->whereIn('name', $skills);
    });
 }

if($positions)
{
    $users->whereHas('positions', function($thisquery) use ($positions)
    {
         $thisquery->whereIn('name', $positions);
    });
}
$users = $users->get();