Hur får man värdet från Javascript Prompt Box och skickar det till PHP-variabeln för att kunna spara i SQL?

Du kan skicka värde till dold input i formuläret och skicka in det.

function MyReason(){
    var reason = prompt("Reason");
    document.getElementById("reason").value = reason;
    document.getElementById("form").submit();
}

<form id="form">
    <input type="hidden" id="reason" />
</form>