Använd PDO istället för någon av dessa metoder. Det låter dig använda parametrar istället för strängar.
$sth = $dbh->prepare('SELECT * FROM users WHERE username = :username AND password = :password LIMIT 1');
$sth->bindParam(':username', $username, PDO::PARAM_STR);
$sth->bindParam(':password', $password, PDO::PARAM_STR);
$sth->execute();
Se förresten till att du inte använder lösenord i vanlig text samtidigt.