Du kan använda -m alternativet för att ange en fil som innehåller ett kommando som ska köras på fjärranslutningen.
Exempel:
C:\Progra~1\Putty\putty.exe -ssh -m C:\cmd.txt example@sqldat.com
Innehållet i C:\cmd.txt
mysql -u USER -pPASS db < /tmp/dump.sql
Från Putty-dokumentationen :