Det kan vara magic_quotes_gpc . Kan du verifiera att den är avstängd?
Här är ett sätt att stänga av det:http://php.net/ manual/en/security.magicquotes.disabling.php
Använder du också förberedda uttalanden? PHP PDO/MySQLI kommer att escape automatiskt åt dig. Beror på vilken typ av frågor du använder.