Här är svaret, som föreslagits av Alexandre:
när du använder id=LAST_INSERT_ID(id) ställer det in värdet på mysql_insert_id =det uppdaterade ID--- så din slutliga kod bör se ut så här:
<?
$query = mysql_query("
INSERT INTO table (column1, column2, column3)
VALUES (value1, value2, value3)
ON DUPLICATE KEY UPDATE
column1 = value1,
column2 = value2,
column3 = value3,
id=LAST_INSERT_ID(id)
");
$my_id = mysql_insert_id();
Detta kommer att returnera rätt värde för $my_id oavsett uppdatering eller infogning.