Dina två yttre frågor är strukturerade för att förvänta sig ett enda resultat från deras underfrågor. Men hur du har saker strukturerat kan dina underfrågor returnera mer än ett resultat. Om du verkligen vill mer än ett resultat, strukturera om det så här:
... where disease_id IN (subquery returning multiple rows...)
Dessutom är underfrågor dödsprestanda, och det är exponentiellt sämre för kapslade underfrågor. Du kanske vill undersöka hur du använder INNER JOIN istället.