hur frågar jag kopplingstabellen med viloläge?

Vad du vill göra är att skapa en maskinskriven fråga. Med korrekt mappning kan du också få relaterade objekt - du behöver inte fråga förenade tabeller som ORM kommer att göra detta åt dig:

Query query = session.createQuery(hql);
List<TestProject> results = query.list();

for (TestProject row : results) {
    //what to do here
    // do whatever you want
}

Och med korrekt relationskartläggning kan du få sådana relationer:

for (TestProject row : results) {
    Set<TestEmployee> employees=row.getEmployeesList();
    // do more work.
}

När det gäller "hur gör man" - ämnet är för brett för att täcka det i ett enda svar etc. men du bör kunna börja härifrån - http://hibernate.org/orm/documentation/5.1/