Jag har lyckats lösa problemet. Det finns inget sätt att ställa in egenskapen i anslutningssträngen eller någon av egenskaperna för NpgsqlConnection eller NpgsqlCommand .
Jag kunde dock ställa in värdet för client_encoding i en fråga. Så direkt efter att ha öppnat anslutningen körde jag först (icke)frågan:
set client_encoding = 'WIN1252'
Efter det använde alla efterföljande kommandon på samma anslutning rätt kodning och returnerade resultaten utan klagomål.