Detta händer förmodligen för att du inte installerade om kommandoradsverktygen efter uppgraderingen.
Vanligtvis ska XCode uppgraderas till den senaste versionen (4.4) (tror jag när jag uppdaterade till 10.8 uppdaterade jag också en hel massa andra applikationer, inklusive XCode). Efter uppdateringen måste du installera om kommandoradsverktygen. Detta kan nu göras via en inställning i XCode:
Gå till "Inställningar -> Nedladdningar" och installera "Kommandoradsverktyg".
Nu borde du inte ha några fler problem när du installerar paket som behöver kompileras.